O NTE abriga o Centro de Inovação da Educação do Amapá (CIEAP)com o Laboratório de Criatividade e Inovação para Educação Básica conhecido com LabCrie e dois Núcleos de Inovação para produção de material audiovisual como apoio ao novo Ensino Médio da Rede de Inovação para Educação Híbrida (RIEH) e um Núcleo de Inovação no Centro de Valorização da Educação (CVEDUC) para apoio na formação de professores da rede de ensino do Estado do Amapá.